中醫通過辯證施治來確診和治療手足口病具有獨到之處，以下簡介兩個方劑用于手足口病的治療。
中藥小方，起到大作用
中醫則講究辨證施治，按病情的輕重和證型來給藥，早期辨證服用中藥對改善癥狀、減少變證的發生具有一定的優勢。在發病的早期，病邪剛影響到肺脾，一般可采用清熱宣肺，解毒化濕的療法：對肺脾積熱的孩子，可用銀翹散合涼膈散加減;對濕熱明顯的孩子，則可用甘露消毒丹加減。而在發病中期，治法以清熱涼血、解毒祛濕為主，常用清瘟敗毒飲加減。進入疾病恢復期，病孩常出現氣陰兩傷證，可用沙參麥冬湯或七味白術散加減。
1、外用方
對付皮膚皰疹：苦參、野菊花、紫草、地膚子各30g，加水3000ml，煎至2000ml，涼至35℃~38℃，泡洗手足臀部10~15分鐘。
對付口咽部皰疹：西瓜霜吹敷口腔患處，或口腔炎噴劑噴患處，每日2次。
對付口疼牙齦腫：可用板藍根10克，黃芩、白蘚皮各6克，雙花3克，竹葉、薄荷各2克，煎水含漱。
2、食療方
紅蘿卜1條，白茅根15g，竹蔗1節，生苡仁15g，每日1劑，煎水代茶。
燈芯草5扎，蟬蛻3g，木棉花1朵，雞骨草10g，瘦豬肉50g，煲湯飲用。
荷葉粥：鮮荷葉2張，白米50克，將荷葉切碎，煮粥吃。
以上均為3~6歲兒童1人份劑量，可根據年齡大小酌情增減劑量。