肛門瘙癢癥的患者初起肛門瘙癢較輕，肛門皮膚無明顯變化，多為陣發性，久病患者瘙癢較劇，持續時間較長，尤以夜間更甚，過度的搔抓或機械刺激使肛周皮膚增生肥厚粗糙，肛門皺襞加深，局部有抓痕，血痂，滲液，皺襞縫中殘留糞便污垢，更重者可合并感染見有膿泡或膿性分泌物，潮紅腫脹，病變可擴展至會陰，陰囊，女性外陰甚至雙臀部皮膚。
原發性瘙癢不伴有原發性皮膚損害，以瘙癢為主要癥狀。繼發性瘙癢癥產生于原發性疾病及各種皮膚病，伴有明顯的特異性皮膚損害和原發病變，瘙癢常是原發病變的一個癥狀，如肛瘺，肛門濕疹，濕疣，神經性皮炎，肛管直腸腫瘤，蟯蟲等引起的肛門瘙癢均屬此類。
初起肛門周圍以頑固性發癢為主癥或如有蟲爬、蟻走等感覺，時輕時重，間歇或持續性發癢，并常蔓延至前陰。用手搔抓后有灼痛、刺痛，有時如蟲咬，夜間安靜時加重，甚至影響睡眠。由于長期搔抓患處皮膚可變厚，皺襞肥大，皮色因色素的脫失或沉著而變淺或加深，與周圍皮膚有明顯界限，常有破潰、糜爛、滲液、皸裂、出血等。久之，皮膚出現苔癬樣變化。
肛門瘙癢每遇溫度變化或季節交替容易復發或加重病情。