感染性腹瀉分為急性腹瀉及慢性腹瀉，其病因也不盡相同，具體如下。
一、急性腹瀉病程多不超過3星期，腸道感染，包括食物中毒在內，是引起急性腹瀉最常見的病因。
1、細菌感染
常見病原菌包括痢疾桿菌、大腸埃希桿菌、沙門菌屬、小腸彎曲菌、小腸結腸耶爾森菌、腸道金黃色葡萄球菌、產氣莢膜桿菌、魏氏梭狀芽孢桿菌、難辨梭狀芽孢桿菌、霍亂弧菌等。
2、原蟲與寄生蟲感染
包括阿米巴、血吸蟲、滴蟲、梨形鞭毛蟲等。
3、病毒感染
多見于腸道輪狀病毒感染、腸道腺病毒感毒感毒感染。
4、真菌感染
可導致腹瀉的真菌有很多，如過期食物中的霉菌等。
5、食物中毒
常見致病菌包括金黃色葡萄球菌、沙門菌、嗜鹽桿菌、蠟樣芽胞桿菌、產氣夾膜梭狀芽胞桿菌或肉毒桿菌;毒蕈、河豚魚、較大的魚膽及毒鼠藥、農藥等其他有毒化學性毒物。
6、變態反應
如食物過敏(牛奶、魚、蝦、海鮮產品等)可引起腹痛、腹瀉;過敏性紫癜等疾病可伴有腸蠕動增快而發生腹瀉。
7、藥物
多種藥物可導致腹瀉，如紅霉素、氫氧化化化鎂、新霉素、林可霉素、硫酸鎂、山梨醇、甘露醇、5-氟脲密啶、利舍平(利血平)、普萘洛爾(心得安)等，這些藥物導致腹瀉的機制不盡相同;某些化學物質如磷、砷、汞及酒精中毒等均可導致急性腹瀉。
二、慢性腹瀉的病期在2個月以上，病因比急性的更復雜，因此診斷和治療有時很困難。引起慢性腹瀉的病因甚多。
1、腸道感染
是引起慢性腹瀉最常見的病因，包括細菌感染、原蟲和寄生蟲感染、真菌。
2、腸道非特異性炎癥或非感染性炎癥
自體免疫性疾病、自體免疫性疾病，放射治療引起的腸炎，吸收不良綜合征等。
3、吸收不良綜合征
吸收不良綜合征的分類十分復雜。吸收不良可因胃及小腸疾病而引起，也可因肝膽、胰腺疾病所致。