感染LGV后，血清中出現補體結合抗體，人是此病的唯一自然宿主，好侵犯皮膚和淋巴結，LGV的血清型侵襲力較強，引起全身病變多，而不像其他沙眼衣原體血清型主要局限于粘膜，LGV病原體可侵犯巨噬細胞，細胞介導的免疫和體液免疫可以限制但不能完全消除局部和全身感染的擴散， 即使到了晚期仍可以從感染組織中分離出病原體。
本病病原體抵抗力較低，一般消毒劑可將其殺死，在體外存活2-3日，于50℃，30分鐘或90℃-100℃，1分鐘即可被滅活，70%乙醇，2%來蘇，2%氯胺，紫外線及干燥室溫中均不能存活。
初瘡：為非特異性炎癥改變。
淋巴結：有特殊的病理改變——伴有星狀膿瘍形成的肉芽腫，中央為壞死組織，有多形核白細胞及巨噬細胞浸潤，周圍繞以上皮樣細胞，可見漿細胞，膿腫三角形或四角形，于診斷有參考意義，后期為廣泛纖維化及大面積凝固性壞死。
不同時期的臨床表現：
一、潛伏期
有不潔性交史，潛伏期7-10天。
二、早期癥狀
初瘡多發生在男性陰莖體，龜頭，冠狀溝及包皮，女性陰道前庭，小陰唇，陰道口，尿道口周圍的5-6mm的極小皰，潰瘍，常為單個，有時數個，無明顯癥狀，數日不愈，愈后不留瘢痕，亦可發生于肛周，口腔等處。
三、中期癥狀
初瘡出現1-4周后，男性腹股溝淋巴結腫(第四性病性橫痃)，疼痛，壓痛，粘連，融合，可見“槽溝征”(腹股溝韌帶將腫大的淋巴結上下分開，皮膚呈出槽溝狀)，數周后淋巴結軟化，破潰，排出黃色漿液或血性膿液，形成多發性瘺管，似“噴水壺狀”，數月不愈，愈后留下疤痕，女性初瘡多發生于陰道下部，向髂及直腸淋巴結回流，引起該部淋巴結炎，直腸炎，臨床可有便血，粘液血便，腹痛，腹瀉，里急后重及腰背疼痛，形成肛周腫脹，瘺管，直腸狹窄及大小陰唇象皮腫等。
四、晚期癥狀
數年或數十年后，長期反復性的腹股溝淋巴管(結)炎可致陰部象皮腫，直腸狹窄等。
五、全身癥狀
淋巴結腫大化膿期間可有寒戰，高熱，關節痛，乏力及肝脾腫大等全身癥狀，亦有皮膚多形紅斑，結節性紅斑，眼結膜炎，無菌性關節炎，假性腦膜炎。