尖銳濕疣診斷主要依據有接觸傳染病史、發病部位、臨床表現、臨床試驗及實驗室有關檢查來確定。大多數病例，根據尖銳濕疣的發病部位及典型臨床特征不難做出診斷，少數病例還需要進一步實驗室檢查來確診。
病史：需要仔細說明是否有接觸傳染病史，并重點了解其性伙伴有無尖銳濕疣及有無其他性伴侶及性活動方式。尖銳濕疣患者多有異常或非婚姻性生活史或有與尖銳濕疣患者、HPV感染者性接觸或公用毛巾、衣物、盆等物品的病史。
部位：好發部位是男女性生殖器以及肛門部位。此外，一些特殊的部位如口腔、咽喉等部位的尖銳濕疣在特殊人群中應注意。在檢查尖銳濕疣發病部位過程中，不要只檢查患者所述病變部位，還要對患者進行較全面的檢查。
臨床表現：在檢查過程中要仔細觀察損害分布、形態、大小、顏色、表面情況等。典型損害呈菜花型，顏色鮮紅、淡紅或少數呈污灰色，病變組織脆，擦拭后容易出血。非特征性損害其表面亦多呈疣狀外觀、不光滑或呈顆粒狀突起等。
臨床試驗：目前多用醋酸白試驗。醋酸白試驗陽性對尖銳濕疣診斷有較為重要的意義。