本病的臨床表現隨其白細胞或中性粒細胞減少的原因、程度和時間長短而異。根據中性粒細胞減少的程度可分為輕度≥1.0×10^9/L、中度(0.5~1.0)×10^9/L和重度<0.5×10^9/L，重度減少者即為粒細胞缺乏癥。
一般輕度減少的患者臨床上不出現特殊癥狀，多表現為原發病癥狀。中度和重度減少者易發生感染和出現疲乏、無力、頭暈、食欲減退等非特異性癥狀。常見的感染部位是呼吸道、消化道及泌尿生殖道，可出現高熱、粘膜的壞死性潰瘍及嚴重的敗血癥、膿毒血癥或感染性休克。粒細胞嚴重缺乏時，感染部位不能形成有效的炎癥反應，常無膿液，X線檢查可無炎癥浸潤陰影或不明顯;膿腫穿刺可無或少量膿液。
單純粒細胞減少者，起病多緩慢，癥狀較輕，常見乏力、心悸、頭暈、低熱、咽炎或粘膜潰瘍等;若白細胞減少癥由感染所致者，則見高熱，惡寒，周身酸痛;若為粒細胞缺乏癥，則起病急，可突然畏寒或寒戰，高熱，頭痛，關節痛，極度乏力，嚴重者有吞咽困難，譫語或昏迷，可在數日內死亡。
大多數患者起病緩慢，有頭暈、乏力、心悸、低熱、失眠、咽喉炎及黏膜潰瘍等。慢性原發性中性粒細胞減少癥多見于40歲以下女性，病程長，白細胞長期有中至重度減低伴中性粒細胞明顯減少或完全缺乏，但很少合并嚴重感染。慢性家族性中性粒細胞減少癥為一良性、常染色體顯性遺傳性疾病，以持續的中性粒細胞減少及反復感染為特征。周期性中性粒細胞減少癥病程遷延多年，血中中性粒細胞周期性減少，常間隔21天(15～45天)發作1次，每次持續約l周，發作時全身不適，頭痛、發熱，伴有咽部或其他部位感染。