潛伏期10～60天，平均40天。臨床表現與甲肝類似，不發展成慢性。兒童多為亞臨床型感染。常見臨床類型有：
1.急性黃疸型 占顯性感染的86.5%。臨床三期經歷同甲肝，前驅期癥狀可持續到黃疸出現后第4～5天。淤膽較為常見。總病程為4～6周。
2.急性無黃疸型 表現與甲肝類似。
3.淤膽型 較為常見，病程可長達2個月以上。
4.重型 約占5%。高危因素包括：①妊娠婦女;②年老體弱者;③合并HBV感染。多為急性重型。
5.與其他病毒混合感染
(1)HEV與HAV同時或先后感染者：并不加重病情。
(2)HEV與HBV重疊感染者：患者HBV常有活動性復制，HEV不易被清除。病情易遷延或反復發作。病情重，發生重型者多，印度報告80.7%的急性重型和75.5%的亞急性重型為HBsAg攜帶者重疊HEV感染引起。
按照流行病學資料、臨床特征和常規肝臟功能試驗結果作為臨床診斷參考，結合特異的血清病原學檢測才是確診的依舊。同時排除HAV、HBV、HCV、HGV、TTV、CMV和EBV等。當有兩種或以上病毒病原存在，則考慮為重疊或合并感染。