多見于肥胖健壯的2歲以內嬰幼兒，為突然發病。腸套疊可致腹部絞痛，表現為原先安靜的患兒突然出現明顯煩躁不適，可有全身強直。雙腿向腹部屈曲，表情痛苦，癥狀突發突止;無法表達的小嬰兒則出現陣發性哭吵，發作間隙表現正常或安靜入睡。隨著病情進展，腹痛間歇可出現淡漠、嗜睡。常見嘔吐，開始為不消化食物，繼而吐膽汁樣物，嘔吐后可有全身扭動，屏氣表現。腸套疊初期，結腸蠕動增加，腸腔內壓升高，患兒排出少量正常糞便，后期糞便中出現血跡，隨之因腸缺血壞死而排暗紅色血塊或果醬樣大便。
體格檢查
早期生命體征平穩，腹痛發作時，可聽到亢進的腸鳴音。發作間歇期觸診可有右下腹平坦空虛感，這是由于盲腸和回盲部套入橫結腸至右上腹所致;此外還可觸及部位不固定的包塊。因一側腸系膜及血管牽拉，腫塊通常呈弧形。肛指檢查可能發現血跡或帶血的黏液。癥狀持續時間越長，出血量越大。
梗阻時間過長的患兒可能出現脫水及菌血癥，導致心動過速和發熱，偶見低血容量性或感染性休克。
小腸套疊比較少見，多見于兒童，有時也可見于嬰幼兒。極少數腹部手術后，腸功能紊亂恢復期可發生小腸套疊。主要表現為完全性機械性小腸梗阻，即腹痛、嘔吐、不排氣亦不排便，多無血便，腹部腫物不易觸到，在鎮靜或麻醉下偶可摸到腫物，位于臍周呈臘腸樣或海螺狀。
慢性腸套疊多發生于兒童，病期較長，多在10～15天。主要表現為腹部腫物，偶有部分性腸梗阻癥狀。除腹痛外偶有嘔吐，很少有血便，癥狀較緩和。多為回結型腸套疊，多繼發于腸管器質性病變，如腫瘤、息肉、梅克爾憩室、闌尾內翻、蛔蟲癥等。腹軟不脹，于右上腹觸及有彈性的腫物，比較固定。
復發性腸套疊中，原發性腸套疊手術后復發率2%～3%，非手術治療灌腸復位者復發率稍高，多為黏膜下淋巴結腫大及盲腸部不固定所致。繼發性腸套疊復發率20%，腸管病變如息肉、腫瘤、梅克爾憩室為其誘發因素。可多次復發，復發后的臨床癥狀與第一次相同。
嬰幼兒腸套疊有典型癥狀者一般診斷不困難。臨床上有陣發性腹痛、血便及腫物三者存在即可確診。