習慣性流產的臨床表現與一般流產相同，亦可經歷先兆流產、難免流產、不全或完全流產幾個階段。早期僅可表現為陰道少許出血，或有輕微下腹隱疼，出血時間可持續數天或數周，血量較少。一旦陰道出血增多，腹疼加重，檢查宮頸口已有擴張，甚至可見胎囊堵塞頸口時，流產已不可避免。如妊娠物全部排出，稱為完全流產;僅部分妊娠物排出，尚有部分殘留在子宮腔內時，稱為不全流產，需立即清宮處理。
根據習慣性流產發生的時間可將流產分為早期習慣性流產及晚期流產。早期習慣性流產系指流產發生在妊娠12周以前，一般多與遺傳因素，母內分泌失調及免疫學因素等有關;晚期習慣性流產多指流產發生在妊娠12周以后，多與子宮畸形、宮頸發育不良、血型不合及母患疾病等因素有關。
此外還可根據習慣性流產前有無正常生育史，將習慣性流產分為原發性及繼發性兩種。原發性習慣性流產指與同一丈夫從無正常妊娠，多次在妊娠20周前流產;繼發性流產是指患者與同一丈夫有過正常妊娠至少分娩過一次活嬰，或雖然未分娩過但流產多發生在妊娠20周以后。