導致女性出現習慣性流產有很多原因，如遺傳因素。染色體檢查是習慣性流產的女性必需檢查的項目之一。“主要是看夫妻雙方有沒有染色體疾病，即染色體數目異常或結構異常，如染色體部分缺失等等。如果夫妻中有一方有這方面的疾病，那么就可能會出現反復流產。”
除染色體異常的原因外，夫妻雙方如果攜帶有異常基因，也有可能導致胚胎異常而出現流產。目前對由于遺傳因素而導致的習慣性流產尚沒有辦法干預，只能通過產前診斷或種植前診斷進行產前篩查，一旦發現異常，終止妊娠。
環境因素也是導致女性習慣性流產的一個原因。“現代社會中，化學污染、放射污染、某些藥物等都會導致胚胎停止生長，尤其是在女性懷孕的前3個月，影響非常大。”有的家庭裝修時采用了不合格的材料，就很可能就會對胎兒產生危害。文獻報道，發芽土豆中的龍葵素和長時間的電腦輻射也會影響胎兒的發育，對胎兒也不好。“有的女性喜歡喝咖啡、喝酒，咖啡和酒精對胎兒的發育有一定的副作用。而有的女性可能因為工作需要接觸農藥，在這樣的環境中也可能發生反復流產。”