1.中毒性腸麻痹
當原發病為腹瀉或敗血癥時，易將壞死性小腸結腸炎誤診為中毒性腸麻痹，但后者無便血，X線片上無腸壁間積氣等。
2.機械性腸梗阻
X線腹平片上液平面的跨度較大，腸壁較薄，無腸壁間隙增寬模糊，無腸壁積氣，再結合臨床不難區別。
3.腸扭轉
此時機械性腸梗阻癥狀重，嘔吐頻繁，腹部X線平片示十二指腸梗阻影像，腹部陰影密度均勻增深，并存在不規則多形氣體影，無明顯充氣擴張的腸曲。
4.先天性巨結腸
有腹脹，X線片上有小腸、結腸充氣影，需與早期壞死性小腸結腸炎鑒別。前者有便秘史，無血便，X線片動態觀察無腸壁積氣征。
5.新生兒出血癥
生后2～5天出現，可以胃腸道出血為主，需鑒別。本病有生后未給予維生素K注射史，無腹脹，X線片也無腸道充氣和腸壁積氣，維生素K治療有效。
6.自發性胃穿孔
多由于先天性胃壁肌層缺損引起，常見于胃大彎近賁門處。病兒生后3～5天突然進行性腹脹，伴嘔吐、呼吸困難和發紺，X線平片腹部僅見氣腹，無腸壁積氣或腸管脹氣。