(一)發病原因
鼻咽癌的病因不明，推測遺傳因素和生活的傳統習慣因素在鼻咽癌發生上可能起著重要作用。
環境因素(18%)：
環境因素也是誘發鼻咽癌的一種原因，飲食過多的咸魚，臘味和腌制含亞硝胺類化合物的食品，這些食物有誘發鼻咽癌的作用，飲水中鎳，鉛含量高，而鋅，銅和鎘含量相對低，大米中鎳含量高，而鉬，鉻，鉛和鎘含量低，這些微量元素的改變也可能與鼻咽癌的發生有關，在廣東，調查發現鼻咽癌高發區的大米和水中的微量元素鎳含量較低發區為高，在鼻咽癌患者的頭發中，鎳含量亦高，動物實驗表明，鎳能促進亞硝胺誘發鼻咽癌。
EB病毒(25%)：
從鼻咽癌的組織中分離出帶EB病毒的類淋巴母細胞株，找到了EB病毒顆粒，鼻咽癌體內存在EB病毒高滴度的抗體，病情嚴重者滴度高，隨著病情恢復，抗體滴度下降，說明EB病毒與鼻咽癌關系密切。
遺傳因素(10%)：
根據細胞染色體及人類組織相容性抗原(HLA)等的研究，鼻咽癌的明顯民族聚集現象，推想鼻咽癌可能是一種多基因遺傳因素有關的疾病。
(二)發病機制
致瘤因素引起鼻咽腔黏膜細胞的無限增殖，惡性變，并發生遠處轉移。