這種先天性畸形主要是在懷孕第4周到第10周期間，由于某些致病因素導致胎兒面部發育障礙所致。目前醫學認為可能的致病因素有。
①遺傳因素
部分患兒直系或旁系親屬中有類似畸形發生。大約有20%左右唇腭裂患兒可查詢出有遺傳史。
②感染和損傷
懷孕初期(2個月左右)的母親感染過病毒，如流感、風疹或受過某種損傷可能成為唇腭裂的致病原因。
③貧血
母體懷孕期間患有如貧血、糠尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病。
④服用某些藥物
懷孕期間服用某些藥物：如鎮靜藥、抗癲癇藥及激素類藥等。
⑤X線照射
懷孕期間母體接受過大劑量X線照射。
因此，唇腭裂的預防關鍵在于懷孕早期。