這種先天性畸形主要是在懷孕第4周到第10周期間，由于某些致病因素導致胎兒面部發育障礙所致。
目前醫學認為可能的致病因素有
①遺傳因素
部分患兒直系或旁系親屬中有類似畸形發生。大約有20%左右唇腭裂患兒可查詢出有遺傳史。
②感染和損傷
懷孕初期(2個月左右)的母親感染過病毒，如流感、風疹或受過某種損傷可能成為唇腭裂的致病原因。
③懷孕期間患有如貧血
母體懷孕期間患有如貧血、糖尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病。
④服用某些藥物
懷孕期間服用某些藥物：如鎮靜藥、抗癲癇藥及激素類藥等。
⑤X線照射
懷孕期間母體接受過大劑量X線照射。
⑥營養缺乏
營養因素在實驗動物研究中發現小鼠缺乏維生素A、維生素B及泛酸、葉酸等食物成分時，可以產生包括F裂在內的各種崎形，而人類是否也會因缺乏此類物質而導致先天性唇腭裂畸形的發生還不十分明確。但有人曾調查生過唇腭裂患兒的母親，有的在懷孕早期因妊娠性嘔吐或偏食而有明顯的鈣、磷、鐵及維生素B、維生素C、維生素D等缺乏的情況。所以妊娠早期的營養缺乏可能是發病誘因之一。
⑦大量的化學物質
藥物和化學因素當今人類應用大量的化學物質，如藥物、食物添加劑、調味品、化妝品等;還有人類生活環境中如大氣層和水中日益嚴重的工業污染，均有可能影響人類的生活環境，損害人類的健康，更嚴重的可誘發人類胚胎發育畸形。目前認為，與先天性唇腭裂畸形發生有關的藥物包括六大類:激素類、抗痙攣藥、烷化劑、抗生素類、維生素類和鎮靜劑。
⑧病毒感染
感染和損傷因素母體在妊娠初期催患病毒感染，可能影響胚胎的發育而發生唇腭裂或面裂畸形。已有研究表明，風疹病毒可明顯地導致唇腭裂崎形。另外，母體在妊娠初期如遭受某種損傷，特別是能夠引起子宮及其附近部位的損傷者，都能影響胚胎的發育而成為唇腭裂發生的可能誘因。