關于嬰幼兒容易患肛瘺的病因， 目前尚不完全明了。中醫認為嬰兒胎熱瘀血滯結或胎前孕母積熱致胞熱，生后受風邪纏綿于大腸或肛門濕寒氣凝，怒叫氣結聚于下而成癰腫，破潰成瘺。
現代醫學認為
(1) 小兒骶骨曲尚未形成，兩側坐骨結節距離較近，加之肛門內括約肌緊張度較弱，因此糞便易直接壓迫肛管處齒線，肛竇粘膜擦破，易使細菌侵入致病;女孩因直腸前面有子宮，壓迫直腸，與成人直腸屈曲相似。故發病低于男孩。
(2) 小兒常因尿布皮炎，刺激肛門周圍皮膚，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛門周圍皮下膿腫與肛竇相通，而成肛瘺。
(3) 新生兒，尤其是男孩受母體激素失調的影響，使皮脂腺分泌亢進，引起肛門皮脂腺炎。感染形成肛周皮下膿腫與肛竇相通，而致肛瘺。
(4) 近年來，有人認為新生兒生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，免疫機能不全，因此易發生肛門感染，形成肛瘺。