肛瘺形成初期是以膿腫、炎癥為主，炎癥消退，瘺道逐漸形成，局部癥狀逐漸減輕。但復雜性肛瘺或有急性感染時，局部有明顯的炎癥反應，并伴有全身癥狀。
第一步：肛隱窩、肛門瓣感染發炎。開始僅限于局部的炎癥，這時若感染未能及時治療，炎癥即可向肛門周圍蔓延。
第二步：炎癥從局部的肛隱窩和肛門瓣開始，逐漸蔓延擴散，形成肛門直腸周圍炎。如果炎癥不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的組織間隙之中。
第三步：由于肛門直腸周圍組織間隙的抗病能力下降，時間久了就會成為病菌入侵、擴散、積聚繁殖的地方，致使這里的組織容易感染發炎，而形成肛門直腸周圍膿腫。若肛門直腸膿腫在早期能夠處理得當，往往可使膿腫消散治愈，不遺留后遺癥;如延誤早期的治療時機或處理不當，組織壞死膿液可順其局部間隙擴散，使病情加重復雜化，因此應盡早手術切開引流，使膿液排泄，控制炎癥發展。
第四步：肛門直腸周圍膿腫自行破潰或經切開引流換藥處理后，膿腔雖逐漸縮小，但潰瘡卻久不收口，這時腔壁已形成結締組織增生的堅硬管道壁，中間遺留之空隙，這就是瘺道，膿液經常順從瘺道流出，反復感染，反復發作，經久不能自愈，而成為瘺管。
肛瘺是怎么形成的?排便不暢復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸四周形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，大便時感到困難，有便意不盡的感覺。
肛瘺是怎么形成的?全身癥狀在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。
臨床所見肛瘺的特點有
①膿液淋漓不斷：反復感染，炎癥經常刺激，膿水不斷從外口流出、污染內褲。
②不能自然愈合：由于肛門括約肌的收縮與舒張，壓迫瘺道，影響膿液排出而難愈合;瘺管彎曲、引流不暢;膿腔縮小、腔壁有結締組織增生而堅硬也很難粘連愈合。