根據瘺口和瘺道的位置、深淺、高低以及數目，其分類有。
(一)外瘺和內瘺
外瘺至少有內外二個瘺口，一個在肛門周圍皮膚上，多數距肛門2～3厘米，稱為外口，另一個在腸腔內，多數在齒線處肛竇內，稱為內口，少數內口在中齒線上方，直腸壁上。內瘺的內口與外瘺相同，并無外口，臨床所見90%為外瘺。
(二)低位瘺和高位瘺
瘺道位于肛管直腸環平面以下者為低位瘺，在此平面以上為高位瘺。
(三)單純性肛瘺和復雜性肛瘺
前者只有一個瘺管，后者可有多個瘺口和瘺管。
從臨床治療角度以肛瘺和括約肌的關系較重要，可分為：
①括約肌間型——最常見一種，內口位于齒線，瘺管在內外括約肌間行走，外口在肛門周圍皮膚;
②經括約肌型——瘺管經外括約肌及坐骨肛管間隙而在肛周圍皮膚上穿出;
③括約肌上型——不常見。瘺管同上穿破肛提肌而在肛門周圍遠處皮膚上穿出;
④括約肌外型——少見，內口在齒線上直腸壁，外口在肛周遠處皮膚上，瘺管在內外括約肌外，經肛提肌而下。