肛瘺的治療分為非手術治療和手術治療。非手術療法主要通過藥物控制感染，減輕癥狀，但不能徹底治愈;或一時相對治愈，很容易復發。手術的目的是為了清除感染的肛門腺，將瘺管內感染的異物清除，這是治療的關鍵。
非手術療法包括內治法和外治法
(一)內治法
1.清熱利濕：凡出現瘺管外口流粘稠膿，色白或黃，外口閉合，局部腫脹疼痛，小便不利，舌紅、苔黃膩，脈滑數等癥狀，為濕熱蘊結。治宜清熱利濕。選方常用活血透膿散加減。
2.清熱解毒：凡出現肛瘺外口閉合，惡寒發熱，局部紅腫、灼熱疼痛，舌紅、苔黃，脈數等癥狀，為熱毒蘊聚。治宜清熱解毒。選方常用仙方活命飲加減。
3.養陰托毒：凡出現瘺管外口凹陷，周圍顏色晦暗，膿水清稀，舌紅少津，少苔或無苔，脈細數無力等癥狀，屬陰虛型肛瘺。治宜養陰托毒。選方常用青蒿鱉甲湯加減。
4.補益氣血：凡出現肛瘺經久不愈，肉芽不鮮，膿水不多，形體消瘦，面色無華，氣短懶言，舌淡、苔白，脈細弱無力等癥狀，屬氣血虧虛型。治宜補益氣血。選方常用十大補湯加減。
(二)外治法
1.外洗法：局部紅腫疼痛時，可用苦參湯加減，煎水趁熱熏洗，
2.外敷法：肛瘺急性期可用金黃膏等外敷。
(三)手術療法