肛瘺多為一般化膿性感染所致，少數為特異性感染，如結核、克隆病，潰瘍性結腸炎更少見。直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘺，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘺管，但都少見，與一般化膿性肛瘺有明顯區別。
肛管直腸周圍膿腫有兩大類：一類與肛腺及肛瘺有關，稱為“原發性急性肛腺肌間瘺管性膿腫”簡稱“瘺管性膿腫”，較多見;一類與肛腺及肛瘺無關，稱為“急性非肛腺性非瘺管性膿腫”，簡稱“非瘺管性膿腫”較少見。
推測性激素的影響是肛瘺發生的主要原因。在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發育增殖，男青年較女性增生明顯。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年為何肛瘺發病率較高。而女性肛管導管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘺發病率較低。人到老年，與其他皮脂腺普通萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘺少見。