大部分肛瘺由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿后形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在愈合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易愈合，日久后腔道周圍有許多疤痕組織，形成慢性感染性管道。行走在內外括約肌附近，外口皮膚生長較快，常有假性愈合，引起反復發作。管道的感染多數為膿性感染，少數為結核性。
根據瘺口和瘺道的位置、深淺、高低以及數目，其分類有：
(一)外瘺和內瘺 外瘺至少有內外二個瘺口，一個在肛門周圍皮膚上，多數距肛門2～3厘米，稱為外口，另一個在腸腔內，多數在齒線處肛竇內，稱為內口，少數內口在中齒線上方，直腸壁上。內瘺的內口與外瘺相同，并無傷口，臨床所見90%為外瘺。
(二)低位瘺和高位瘺 瘺道位于肛管直腸環平面以下者為低位瘺，在此平面以上為高位瘺。后者對治療方法的選擇有關。