原發性膽汁性肝硬化絕大多數見于中年女性，40--60歲的女性患者約占全部病例的85%--90%。有顯著的皮膚瘙癢、黃疸、肝臟腫大(后期縮小)、伴有膽汁淤積性黃疸的生化學改變(如以直接膽紅素升高為主、ALP和GGT明顯升高)而無肝外膽管阻塞的證據時要考慮本病。目前在醫學領域還沒有查明本病的致病原因、慢性進行性膽汁淤積性肝病，可能與自身免疫有關。

　　1.遺傳因素

　　流行病學調查顯示，PBC有家族史及家庭聚集現象。患者中HLA-DR8陽性率顯著高于正常人群，表明個體對PBC有遺傳易感性。

　　2.免疫因素

　　(1)自身免疫反應：PBC的發病是機體對肝內小膽管的自身免疫反應。患者血清中免疫球蛋白增高，尤以IgM增高為著，且可檢出多種自身抗體，其中以AMA陽性為本病的特征之一。此外，本病常與其他自身免疫性疾病，如類風濕關節炎、干燥綜合征、硬皮病等同時存在，也提示與自身免疫有關。

　　(2)移植物抗宿主反應：母體與胎兒抗原結構不完全符合的淋巴細胞通過胎盤進入胎兒體內，胎兒未成熟的免疫監視機制不能對其識別，以致母體淋巴細胞持續存在，并作為免疫活性細胞對胎兒組織抗原施行免疫攻擊，導致移植物抗宿主反應(GVHR)。可能由于母體淋巴細胞在女性嬰兒體內較在男性嬰兒體內更易于逃逸免疫識別，因此PBC在女性較多發。

　　3.藥物反應

　　某些藥物，如氯丙嗪、甲基睪丸酮、口服避孕藥等，可引起肝內膽汁淤滯，通常在停藥后消失。但少部分患者淤膽經久不愈，可導致慢性肝內梗阻性黃疸，甚至膽汁性肝硬化。其臨床與病理改變與PBC相似。這部分PBC可能由藥物誘發。

　　4.感染因素

　　(1)病毒感染：少數病毒性肝炎的黃疸型患者可發生淤膽性肝炎。因而曾認為，肝炎病毒感染可能是PBC的病因。但二者之間的關系并未得到證實。

　　(2)真菌感染：PBC患者的血清AMA可以識別酵母菌的線粒體成分，因而推測真菌感染后產生的抗體與人線粒體內膜發生交叉反應有可能是PBC的病因之一。但AMA在膽管上皮及肝細胞損傷中所起的作用尚不能肯定。

　　(3)細菌感染：某些細菌(如分枝桿菌、大腸桿菌等)表面表達的特異成分，如分枝桿菌的65～70KD和55KD多肽，能與PBC患者的血清發生反應，因而推測AMA可能來源于某些細菌感染后的交叉反應。