新生兒容易發生肛周膿腫原因至今不太明了，有些專家分析原因如下：
①肛竇炎，這是新生兒常見病之一，也是新生兒形成肛瘺最主要的原因。肛竇的炎癥因肛門括約肌收縮，影響炎性分泌物(包括膿液)排泄，使炎癥可以擴散至直腸、肛門周圍，進而形成肛周膿腫，由于肛門周圍距離皮膚和鄰近器官(如女嬰的外陰和陰道)的粘膜很近，所以一旦形成膿腫，就等于瘺管形成，瘺管的內口位于直腸壁上，而外口位于皮膚或其它器官的粘膜處，膿腫則在膿液流出后形成連接內外口的管道。
②免疫力低下，這種病兒比健康的新生兒(免疫力弱、尚未成熟)的抵抗力還差，易發生敗血癥和局部感染。
③全身或鄰近肛門處化膿性感染，可以并發肛周感染。有人認為有些新生兒雄性激素分泌過多，刺激肛周皮脂腺，使其分泌旺盛導致繼發感染。
④偶見因外傷包括肛門直腸手術后繼發肛周感染，最后形成肛瘺。
⑤其它，包括腫瘤破潰、性病感染等。
⑥先天性肛瘺，有專家認為是胎兒階段直腸陰道隔發育異常所致，特別是女孩直腸前庭瘺和直腸陰道瘺很可能在小兒出生時已存在，而于生后表現癥狀。