肛門濕疹病因復雜多變，由多種因素相互影響而發病，包括物理的、化學的、生物的外界因素和機體內在的精神神經失衡，代謝功能障礙，器官功能失調，表現于臨床是一種非特異性變態反應，難以確認某一單純因素引發濕疹，也難以用排除某一因素而使癥狀緩解而痊愈。
病因分原發性和繼發性兩種，前者原因不明，后者多由肛瘺、肛裂等炎癥或分泌物刺激所致。常見因素有下列幾種。
(一)疾病因素
在某些疾病如內分泌失調、營養不良、消化功能紊亂、腸道寄生蟲病等的患病過程中，病人對某些過敏性物質感受性增強容易誘發。
(二)變態反應
這是發病的主要原因，有內在和外在方面，如病灶感染、致敏的食物、藥物或接觸某些致敏物品。
(三)刺激性因素
肛門直接受到碘酒、酒精、強酸強堿等刺激而誘發濕疹。
(四)局部病變
如痔、肛瘺、肛裂、肛門失禁等疾病的慢性炎癥刺激，也可誘發。
(五)神經功能障礙及內分泌失調
因過度疲勞、精神緊張、憂郁、失眠等也可誘發肛門濕疹。