(一)骨質破壞
骨小梁模糊，似磨砂玻璃樣的感覺，呈現出骨質缺損。其缺損區為局限性，邊緣相對清晰，可有硬化，是為局限性結核病灶的特點，再繼續以彌散性破壞加劇，易向髓腔拓展而形成結核性骨髓炎。骨質破壞易發生于骨骺及干骺，可在骨質中央部分亦可在邊緣部分，形成缺損，往往骨骺及干骺同時破壞，形成不受骺板限制的統一破壞區。
關節骨質破壞，從兩側邊緣開始，中央的關節板面較輕，是結核的特點。但在膝關節、肩關節中央部分亦可破壞，因緊密相接的軟骨較少。關節骨質破壞上下相對應的關節板面同時受累。但這種接觸面骨質破壞也不一定是為結核所獨有。
肩關節結核的肱骨頭呈現類圓形穿鑿樣改變。膝關節結核在脛骨上端關節板面兩側呈現小的穿鑿樣改變，恥骨結核在恥骨聯合或恥骨板呈現類囊狀或不規則的破壞。椎體結核以骨質破壞和椎間隙狹窄為主要表現。
常在骨端內或干骺端內見到，中央性破壞可形成囊狀，亦可在短骨及塊狀骨見到，甚至在骶骨上顯示囊狀破壞區。
死骨的形成一般較多見的為細小的沙礫樣死骨，常在松骨破壞區發現，如骨骺內，干骺內。髕骨結核亦常出現死骨，血供豐富的地方不易見死骨，如骨干結核、髂骨結核。有時在上下相對應的關節面都有死骨，常稱之為接觸性死骨。在膝關節內時有發生。
(二)骨形改變
管狀長骨的破壞可表現為不同程度的膨脹變形，脊椎的椎體結核、椎體坍塌可呈楔狀變形，椎體上下之間相互嵌入出現駝背或龜背畸形等。
(三)關節改變
關節軟骨被破壞可使關節間隙狹窄，軟骨破壞后不會再生，狹窄發生后會長期存在。脊椎椎間盤破壞不能再生，如破壞明顯，椎間隙永久性消失。