肛門瘙癢的治療要根據典型的肛門瘙癢史，結合臨床癥狀、體征，對本病不難診斷，但要明確病因則比較困難。一般肛門局部有原發病變為繼發性瘙癢癥，否則為原發性瘙癢癥。此外還應進行全身體檢，有針對性地作必要的實驗室檢查，如血、尿、大便常規，肝、腎功能，尿糖、血糖、糖耐量試驗及活組織和涂片等檢查。
1、治療原發病或合并癥：如痔、肛瘺、蟯蟲病等。給于相應抗生素或抗菌藥治療合并感染。
2、避免不適當的自療：不少肛門瘙癢病患者不愿到醫院就診，采取不當的自我治療，如用熱水燙洗，外用高濃度皮質類固激素或含對抗刺激藥物，自購某些粗制家用理療器械自療等，這些方法弊多利少，僅能有暫時抑止瘙癢，日久致使病變遷延增劇，應勸告患者停用。
3、注意衛生，不食或少食刺激性食物：如辛辣食品、濃茶和咖啡、烈性酒等。衣褲應寬松合體，貼身內衣以棉織品為好。
4、局部外用治療：局限性肛門瘙癢病的藥物治療應以局部外用治療為主，全身治療所用的各類藥劑，如皮質類固醇激素、抗炎癥介質類制劑、各種鎮靜劑等對肛瘙癢并無明顯止癢作用，但都有不少副作用或不利影響，在沒有明確適應證情況下應避免應用。
5、抗生素或抗菌藥劑：肛門皮膚呈粗糙肥厚的苔癬化損害者多有合并感染，可用適當抗生素或抗菌藥劑，感染控制后，施行局部包封治療;在清洗局部后，以酒精或新潔爾滅溶液局部消毒。
6、注射療法：將藥物注射到皮下或皮內，破壞感覺神經，使局部感覺減退，癥狀消失，局部損傷治愈，約50%以上的病例可永久治愈。但嚴格瘙癢者易復發，需再次注射治療，注射藥物不僅破壞感覺神經，也可破壞運動神經，常發生輕重不同的感覺性肛門失禁和括約肌功能不良，但過一時期可自行恢復。
7、手術療法：自發瘙癢經過上述治療后不見好轉或多次復發的可用手術治療。手術方法有除去肛門部皮膚神經支配和切除肛門部皮膚兩種。
8、蜂膠抗菌消炎，可治肛門瘙癢：蜂膠的主要成分有黃酮類化合物、有機酸類、酶類、維生素類和礦物質等。蜂膠的作用非常廣，其中之一就是抗菌消炎。所以，對于一些因感染因素所導致的肛門瘙癢，可以嘗試上述方法。