1、糞便干結
患兒排便次數減少，糞便干燥、堅硬，有排便困難和肛門疼痛。有時糞便擦傷腸黏膜或肛門引起出血，而大便表面可帶有少量血或黏液。
因糞便停留于腸道內過久還可反射性地引起全身癥狀，如精神食欲不振、乏力、頭暈、頭痛、食欲不振。
長期攝食不足，可發生營養不良，進一步加重便秘，形成惡性循環。
若糞便在直腸停留過久可使局部發生炎癥，有下墜感。有時便秘患兒常有便意卻不能排凈，使便次增多。嚴重便秘，大便在局部嵌塞，可在干糞的周圍不自覺地流出腸分泌液，酷似大便失禁。便秘是引起腸絞痛的常見原因。
2、腹脹、腹痛
自覺腹脹及下腹部隱痛、腸鳴及排氣多。偶見嚴重便秘患兒常突然腹痛，開始排出硬便，繼之有惡臭稀糞排出，中醫稱之為“熱結旁流”。
3、直腸垂脫
長期便秘可繼發痔瘡或直腸脫垂。