主要致病菌為乙型溶血性鏈球菌，葡萄球菌，肺炎雙球菌。腺病毒也可引起本病。細菌和病毒混合感染也不少見。細菌可能是外界侵入的，亦可能系隱藏于扁桃體隱窩內的細菌，當機體抵抗力因寒冷，潮濕，過度勞累，體質虛弱，煙酒過度，有害氣體刺激等因素驟然降低時，細菌繁殖加強所致。有時則為急性傳染病的前驅癥狀，如麻疹及猩紅熱等。急性扁桃體炎往往是在慢性扁桃體基礎上反復急性發作。以下是小兒扁桃體炎的具體病因分析。
1、細菌感染(35%)
乙型溶血性鏈球菌為本病的主要致病菌，非溶血性鏈球菌、葡萄球菌、肺炎鏈球菌、流感桿菌及腺病毒或鼻病毒、單純性皰疹病毒等也可引起本病。細菌和病毒混合感染者不少見。近年還發現有厭氧菌感染者，革蘭陰性桿菌感染有上升趨勢。
2、免疫力下降(25%)
正常人咽部及扁桃體隱窩內存留著某些病原體機體，防御能力正常時，不可導致發病。當小兒抵抗力降低時，病原體大量繁殖，毒素破壞隱窩上皮，細菌侵入其實質而發生炎癥。
3、環境因素(20%)
受涼、潮濕、有害氣體刺激、上呼吸道有慢性病灶存在等均可誘發本病。急性扁桃體炎的病原體可通過飛沫或直接接觸而傳染。通常呈散發性，偶有集體生活者(如部隊、工廠、學校)中暴發流行。