灰指甲患者在患處涂抹外用藥物是治療灰指甲的常用方法，由于外用藥物滲透性差，因此涂抹前應先將指甲磨薄，以發揮外用藥物的最大殺菌效果。不同類型的灰指甲，磨指甲的程度也不相同。
1、分層型灰指甲：分層型灰指甲指甲明顯出現指甲表層與指肉之間中空的現象。將指甲用溫水浸泡幾分鐘，使用斜口指甲刀將分層區域的指甲表層修掉，修掉后，下面還有層薄薄的甲質與指肉緊密結合，使用磨甲工具將這層甲質磨平即可。
2、增厚型灰指甲：增厚型灰指甲指甲整體出現增厚、色澤異常的現象，部分患者還伴隨指甲表層破損、針孔洞、甲紋等情況。修甲時，參考正常指甲的厚度，使用磨甲工具來磨平指甲，情況嚴重者，可使用斜口指甲刀先挑剪指甲表層，挑剪完后，再使用磨甲工具磨平。
特別提示：灰指甲患者整個指甲及周邊皮膚都存在真菌，應全甲上藥，堅持修甲上藥20天后，甲床病菌濃度降低到一定數值，慢慢長出來的時間才趨于健康，如應用很長時間都無效果，應及時咨詢醫生更換其他藥物。