我們清楚對于任何一種疾病來說，盲目地胡亂用藥都是一大忌。藥物都是要在醫生的指導下按時按量地使用的。結腸炎的治療藥物也不會例外。下面我們來談談結腸炎的治療藥物使用原則。
1、免疫抑制藥
結腸炎如何用藥的一步：硫唑嘌呤，每日1次，可改變病的進程，抑制臨床表現，但不能改變基礎病，常用于靜止期減少復發，也可能中毒，應加注意。6硫基嘌呤(6-MP)與激素合用可減輕癥狀。
2、止瀉藥
可減少排糞次數，減輕腹痛，常用復方苯乙哌啶、可待因和復方樟腦酊。止瀉藥物對急性發作的潰瘍性結腸炎可能引起中毒性巨結腸，應慎重使用。也可給鎮靜藥物和解痙藥物。
3、保留灌腸
常用于直腸和乙狀結腸炎，可減輕癥狀，促使潰瘍愈合。
4、抗感染藥
也是腸炎的治療用藥要注意的。水楊酰偶氮磺胺吡啶對治療各部結腸炎，防止并發癥有較好療效。有的引起惡心、嘔吐、頭痛、皮疹、粒細胞減少、貧血和肝功能不良。如不見效和有不良反應，可改用甲硝噠唑。新霉素和酞磺噻唑也有效用。
5、腸炎的治療中激素治療
腎上腺皮質激素、氫可的松和強的松可改進全身狀況，使病程緩解，排糞次數減少，復發癥狀減輕和食欲增加。但也有的病人效果不好，并可使潰瘍穿孔，出血和愈合緩慢。現在認為應用范圍較小，對于急性暴發性或早期發作嚴重的病人可使癥狀明顯減輕，病情好轉;對于長期反復發作的效果并不滿意;促皮質激素單位溶于葡萄糖溶液，靜脈滴注，癥狀改進后改用肌肉注射。氫可的松靜脈注射，癥狀緩解后逐漸減量，可給藥。皮質激素對緩解癥狀比可的松效用較好，但維持緩解的效用不如可的松。這種治療如癥狀無改進，不應繼續超過2周。