在還不能確定是由某種特定的致病菌所引起的，而粘膜也沒有明確的炎性病變，所以盲目使用抗生素是不合理的。過多過濫地使用抗生素，有時甚至會因破壞腸道正常菌群而導致其他疾病的發生，如前面提到的偽膜性腸炎和出血腸炎。
西醫治療多以調節植物神經和腎上腺糖皮質激素為主，而越來越多的患者更樂于接受純中藥治療。在治療過程中，患者首先要了解此病的治療尚在探索中，尤其是中藥治療，中醫學講究“三因制宜”，即因人、因時、因地制宜，有可能同樣的藥，給有同樣癥狀的患者服用，有人效果好，有人效果差。因此醫生往往會根據患者個人的體質、氣候條件等因素的不同，并參考患者反饋的癥狀變化，在一段時間內隨癥調整用方，以選擇一個最有效最合理的配方。患者應有耐心配合醫生的治療，遵醫囑按時按量服藥，不要悲觀失望，不要貪功冒進。
精神因素已經是公認的與慢性結腸炎的發生、發展有密切關系的因素，在臨床上已不難見到一些有典型神經質傾向的慢性結腸炎患者。患者自己應認識到慢性結腸炎雖然給您的生活和工作帶來極大的不便和困擾，甚至于給您的精神上增加了很大的負擔。
慢性結腸炎畢竟不是一種嚴重的疾病，它更不是致人死命的疾病，如果患者有相應的癥狀，而檢查確診為慢性結腸炎時，患者更有理由放松自己的思想情緒(當然不能忽視治療)，要記住，轉移注意力對本病的治療有很大的幫助。