小兒腮腺炎病原體為流行性腮腺炎病毒，直徑約有90～135nm，系RNA病毒，屬副粘病毒。此病毒具有V抗原(病毒抗原)和S抗原(可溶性抗體)，感染后1周在患者體內可出現S抗體，2周內達高峰，以后漸下降，可持續存在6～12個月，此抗體不具有免疫保護作用。V抗體出現晚，病后2～3周才可測得，4～5周達高峰，2年后仍可測出，此抗體對患兒具有免疫保護作用。
本病毒在乙醇、甲醇、1%來蘇液中經數分鐘可被殺滅，用紫外線照射可迅速死亡。在冷凍的條件下可生存較久，-45℃可生存9個月，4℃可保持活力2個月，在37℃只能生存24小時。此病毒還可在雞胚羊膜腔和各種組織(人和猴)培養中增殖，在一定條件下能與豚、雞、羊等的紅細胞發生凝集反應。
其他病毒也可引起急性腮腺炎的報道日益增多。如A組柯薩奇病毒(1957年Howlett)、副流感病毒(1970年Zollar)、單純皰疹病毒(1975年Coffin)、A型流感病毒(1977年Stuart)、乙腦病毒(1981年段恕誠)等。1995年杜維波等報道柯薩奇病毒引起腮腺炎42例。