小兒糖尿病是一種自身免疫性疾病，有先天遺傳背景，經后天多種因素的作用使之發病。
1.自身免疫反應
現已證明體液免疫和細胞免疫均與小兒糖尿病有關。初發的胰島素依賴型小兒糖尿病，三分之二的患兒體內測出胰島細胞抗體。部分患兒還可測出胰島素受體自身抗體和胰島β細胞膜抗體。
2.環境因素
(1)病毒感染柯薩奇B組病毒、EB病毒、腮腺炎病毒等。
(2)牛乳蛋白過早、過多的攝入牛乳制品，其中酪蛋白作為抗原，觸發小兒糖尿病發生。牛乳中牛胰島素可引起破壞人β細胞功能的免疫反應。
(3)藥物和化學因素。
3.遺傳易感性
有遺傳性，目前證實位于白細胞第6號染色體短臂上的組織相容復合體基因為易感性基因。