根據病變形態的多形性，彌漫性，分布對稱，滲出發癢，病變界限不清楚，病程長，反復發作等特點，即可診斷，但應與下列疾病相鑒別。
肛周濕疹與肛門瘙癢癥的鑒別：
濕疹常發有丘疹、紅斑、滲出、糜爛，以后繼發瘙癢，而后者常以發癢為主，無滲出液，搔抓破后，繼發滲出、出血、糜爛。
肛周濕疹與肛周神經性皮炎的鑒別：后者常發瘙癢，后出現扁平丘疹，有苔癬樣變，淡褐色，干燥而堅實，病變部位可延至骶尾部、會陰及陰囊。
肛周濕疹與接觸性皮炎的鑒別：后者有明顯的接觸物刺激病史，容易查清，皮疹僅限于接觸部位，形態單一，水皰大，境界清楚，去除病因后，皮炎消退較快，很少復發。