1.臥床休息
臥床休息可預防急性期心肌內病毒復制的增加。因此，急性期至少完全臥床8周，待心影恢復正常、心電圖改變明顯好轉后，開始輕微活動;恢復期至少半天臥床6個月;心臟增大者臥床6個月以上，至心臟明顯縮小;有心力衰竭者嚴格臥床，至心力衰竭控制穩定、心臟檢查明顯好轉，再開始輕微活動。
2.針對心肌的治療
高濃度大劑量維生素C對糾正休克、促進心肌病變恢復，是臨床上常用的治療藥物之一。肌苷也是目前臨床上常用的輔助藥物之一。危重患兒搶救時。也可加用能量合劑或極化液，靜脈滴注。
3.腎上腺皮質激素和免疫抑制藥
腎上腺皮質激素主要作于搶救心源性休克和三度房室傳導阻滯，對其他治療無效者也可試用。
4.合并心力衰竭及心源性休克的處理
對并發心力衰竭及心源性休克者必須及時予以積極的處理。處理原則與一般心力衰竭及心源性休克相似，包括洋地黃的應用、血管擴張藥、磷酸二酯酶抑制劑、利尿藥及擴容糾正酸中毒等，但在洋地黃應用時應注意在心肌炎急性期，心肌對洋地黃敏感，易出現毒性反應，應避免快飽和，用藥劑量也應適當減少。
5.心律失常的治療
心律失常必須積極治療。室上性心動過速洋地黃治療有效，室性心動過速可用利多卡因或胺碘酮靜滴。如室性心律失常雖經積極治療仍快速進展至室性纖顫(這種情況在小嬰兒更易發生)應即刻予以直流電復律。如發生完全性房室傳導阻滯，應安置心內膜起搏器。因心律失常可發生在心肌炎恢復后很長一段時間，因此，心肌炎患兒康復后需長期隨訪。
6.其他治療
近年來有靜脈應用人血丙種球蛋白治療兒童心肌炎的報道。在一些病例可應用左心室輔助裝置和主動脈球囊泵來支持心血管系統，而在另一些患兒還可應用體外膜肺氧合治療。必要時，這些裝置可挽救患兒生命，因而在年長兒可考慮為一種治療選擇。一些重癥難治病例，心臟移植可作為最后治療手段。