臨床上對無癥狀但符合原發性膽汁性肝硬化診斷的病人稱為無癥狀原發性膽汁性肝硬化;對有瘙癢和黃疸等癥狀者稱為有癥狀原發性膽汁性肝硬化。S-PBC又可細分為僅有皮膚瘙癢的S1-PBC和伴有黃疸的S2-PBC。由a-PBC向S-PBC轉變占10%~20%。有時無癥狀原發性膽汁性肝硬化可持續數年。此外，對原發性膽汁性肝硬化與AIH重疊發病者稱為混合型原發性膽汁性肝硬化。因為原發性膽汁性肝硬化有這么多類型，所以臨床醫學上要對原發性膽汁性肝硬化進行診斷鑒別，以免發生誤診。

　　原發性膽汁性肝硬化的診斷鑒別方法具體如下

　　原發性膽汁性肝硬化診斷鑒定堿性磷酸酶或γ 一GT顯著升高過程中，有輕度升高的ALT或AST，堿性磷酸酶水平升高至正常的4～5倍或更高。生化改變常與疾病分期有關。堿性磷酸酶和GGT升高程度與膽管消失相關;轉氨酶水平反映匯管區周圍和小葉內壞死程度。IgM升高也是一特征。血清膽紅素升高可達正常上限的2倍。隨著病程的進展，血清膽紅素水平可達很高水平。甘膽酸濃度也可異常升高。后期有低白蛋白血癥和凝血酶原時間延長。

　　高膽固酵血癥常見，可發生于近80%的患者。LDL中度升高，在進展期，LDL可顯著升高，伴脂蛋白x的存在和HDL的顯著下降。血清銅藍蛋白和血清銅水平升高、尿銅排出增加。肝內銅積聚隨膽汁淤積的病程而加重。

　　抗線粒體抗體(AMA)是PBC最突出的血清標志物。該抗體具有較高的敏感性，但并不特異。超過25%的自身免疫性肝炎患者也可呈AMA陽性，低滴 度AMA也可見于個別原發性硬化性膽管炎、藥物性肝病。近年來發現AMA—M2敏感性和特異性更高，M2的抗原決定簇是定位于線粒體內膜的丙酮酸脫氫酶或 2-氧-酸脫氫酶復合物的組分。抗M2抗體是PBC最特異的指標，大約95%PBC患者免疫印跡法陽性。抗M2自身抗體包括高分子和低分子量的IgM形 式。在體外，其M2抗體具有抑制相應酶的催化活性。有些患者具有原發性膽汁性肝硬化的特征但AMA陰性。以前把它分類為“抗線粒體抗體陰性的原發性膽汁性 肝硬化”，但現在認為這些患者患有“自身免疫性膽管炎”，這是一種獨立的疾病，和PBC有相同的病程。其他非特異性抗體包括抗核抗體(可見于20%～50%的PBC患者)、GP210和SP100抗體、類風濕因子和抗甲狀腺抗體等。