1.一級預防
(1)MCTD病因與自身免疫功能失調有關，因此必須加強身體鍛煉，具有合理生活規律，保持愉快的心情以提高機體免疫功能。
(2)加強營養，補充維生素。
(3)注意保暖，避免受風寒侵襲。
2.二級預防
(1)早期診斷：MCTD目前無早期診斷標準，主要靠綜合診斷。凡臨床上遇到多關節炎或關節痛，雷諾現象，無固定部位的肌肉疼痛，不明顯的手指腫脹，不同程度的貧血及血沉增快，原因不明的肺彌散功能下降或同時出現系統性紅斑狼瘡、多發性肌炎、系統性硬化癥三者或其中二者的不典型臨床特征，即應考慮到本病的可能，進行抗核抗體(ANA)及抗核糖核蛋白抗體(RNP)檢查，有利于MCTD的早期診斷。
(2)早期治療：由于本病有多系統、多器官損害的特點，臨床表現、病變程度差異很大，因而治療方案必須根據每個患者的具體情況而定，強調個體化治療。
①出現關節炎、皮疹、漿膜炎、肌炎、貧血、白細胞減少，輕度腎臟損害者可采用中小劑量糖皮質激素治療。
②輕度的關節炎可用非甾體抗炎藥，如布洛芬或萘普生控制。而對有侵蝕性關節炎而無腎累及者，則宜及早應用金制劑或青霉胺。
③皮膚損害可用抗瘧藥和氯喹治療。
④雷諾現象應用鈣離子拮抗劑如硝苯地平、硫氮革酮可減輕癥狀及減少發作。
⑤出現重度肌炎者，則需用較大劑量糖皮質激素并需維持較長時間。
⑥MCTD的嚴重腎臟病變是應用大劑量糖皮質激素的指征，必要時可并用免疫抑制劑如環磷酰胺沖擊治療。
⑦中醫辨證論治。
3.三級預防
(1)堅持正規治療，并避免和減少激素、免疫抑制劑、非甾體藥的副作用。
(2)堅持功能鍛煉，增強自身免疫功能。
(3)生活應有規律，勞逸適度，癥狀顯著時可適當休息。
(4)注意肢端保暖，避免妊娠、過度勞累及劇烈精神刺激。