內分泌性女性不孕的病因多種多樣，主要會導致排卵功能異常、黃體功能紊亂等。
育齡婦女每月產生1個卵子，如果月經周期為28天，正常婦女的排卵期一般在月經周期的第14—16天。如果在排卵期前后過性生活，活動的精子則可以與卵子相遇，才有可能與卵子結合形成受精卵。如果女性不能產生卵子，那就絕不可能生育了。
如果卵巢功能異常，不能對促性腺激素發生反應并合成性激素，造成卵巢性激素水平低落，不發生周期性變化會導致無排卵，如卵巢早衰、多囊卵巢綜合征、黃素化卵泡不破裂綜合征等。
垂體腫瘤等主要通過促性腺激素生成紊亂造成不孕。下丘腦性無排卵，包括功能性下丘腦閉經、神經性厭食等，主要是促性腺激素釋放激素生成紊亂造成。此外，甲狀腺、腎上腺等疾病，黃體功能不足或黃體功能不全等也都可引起不孕。
只有明確導致不孕的內分泌病因才能更好的進行治療，醫生可能需要進行相關的功能測定，如基礎體溫測定、陰道脫落細胞學檢查、宮頸黏液檢查、子宮內膜病理檢查、血激素測定、B超監測排卵等。明確病因后，再采取相應的治療措施，其目的就是誘發排卵，保證黃體功能。