鑒別這兩種病的方法有如下幾點
一、癥狀特點
慢性結腸炎有腹瀉和膿血便癥狀;而結腸息肉80%無癥狀，20%有癥狀者其癥狀主要是腹瀉和血便(潛血陽性或肉眼血便)，一般便中無膿。
二、病變特點
用結腸鏡檢查，慢性結腸炎的病變范圍廣，嚴重并發癥多(如穿孔、大出血、巨結腸等)，腸道病變主要是充血、水腫、糜爛潰瘍和假息肉形成;結腸病變主要是息肉形成，腸粘膜一般無其它異常。
三、息肉特點
通過結腸鏡對息肉取材活檢，根據其組織結構，結腸息肉主要可分為三型：結腸腺瘤樣息肉(又稱新生物息肉)，炎癥性息肉，化生(增生)性息肉。慢性結腸炎的息肉，是炎癥水腫的粘膜被周圍下陷的深潰瘍或纖維組織所包圍而形成的隆起物，不是真正意義上的息肉，故又稱假息肉。
四、癌變特點
結腸息肉主要發生于結腸腺瘤樣息肉型，炎癥型和化生(增生)性息肉型癌變率則很低;慢性結腸炎時的假息肉不會癌變。此病的發生是來自潰瘍，原因不十分清楚，可能與潰瘍旁增殖的上皮細胞數量增多有關，因這些細胞DNA酶含量增高，代謝分裂活躍，具有不成熟細胞的特點。