(一)內科治療
新生兒一旦確診，立即應用前列腺素E1靜脈滴注，治療劑量為0.1μg/(kg·min)。若見效果，可維持24小時或數日保持動脈導管開放，血氧飽和度升高，紫紺減輕，另外控制心力衰竭，糾正缺氧、酸中毒，為進一步治療創造條件。
(二)手術治療
手術適應證
生后即有嚴重紫紺、心力衰竭、不能耐受糾治性手術時，可急診行氣囊導管撐裂房隔術。如果手術失敗，紫紺不減輕，血氧飽和度提高不滿意和心力衰竭仍不能控制，可施行部分房間隔切除術。
伴室間隔缺損的大動脈錯位，內科治療不能控制充血性心力衰竭，應在生后1～2日施行肺動脈環扎術。
(三)姑息性手術方法
1.氣囊導管撐裂房隔術(Rashkind術)
在新生兒擬診大動脈錯位時應用氣囊導管插入右心室造影，明確診斷后將導管退入右心房，經卵圓孔入左心房，經測壓或測血氧證實后，注入1.5～2.0ml造影劑張開氣囊，然后迅速將氣囊拉回右房或下腔靜脈。這樣重復操作2～3次，確保房間隔得到適當的撕裂。滿意結果應是血氧飽和度升高，酸中毒糾正，左、右心房間的壓差消失，一般緩解約在1歲左右，故主張在6月～1歲施行糾治術。常見并發癥為心臟穿破，三尖瓣和下腔靜脈撕裂傷，手術死亡率約5%。
2.部分房間隔切除術(Blalock-Hanlon手術)
如Rashkind術后緩解仍不滿意，紫紺繼續加重可采用閉式手術方式，切除一部分房間隔的右緣，人為地造成較大的房間隔缺損，常可提供足夠的左、右心房混合血而減輕癥狀，常適用于幼兒。
3.體-肺動脈分流術(Shunt術)
包括各種體-肺動脈的吻合術，適用于大動脈錯位合并肺動脈狹窄的病例，改善缺氧效果較好，適用于幼兒，手術簡單。但如吻合口過大而致分流入肺循環的血流量過多可引起心力衰竭。