腦外傷后遺癥的病因主要有以下幾點：
1、腦外傷后腦組織內點狀出血、腦水腫，繼之出現腦內小軟化灶和退行性改變。顯微鏡下可見神經細胞的異常變化，軸突及髓鞘變性或壞死。神經放射學檢查可觀察到腦溝增寬、腦室輕度擴大。這些變化可能導致腦細胞功能的減退。
2、心理因素：一般說來，婦女和非技術工人易患腦振蕩后綜合征，這些人在腦外傷早期就有心理應激，其癥狀反映對意外的焦慮，對疾病和腦結構可能損傷的恐懼。其他的原因如下：
3、素質因素：Denker(1958,1960)對63對單卵雙生和81對雙卵雙生進行研究，發現隨訪3-25年(平均10年)，受傷的一方在腦振蕩后綜合征的發生上，素質因素所起在的作用較器質因素明顯。
4、腦外傷后遺癥的發病原因年齡，腦動脈硬化，酒精中毒，心力素質，人格特征，既往精神病史，既往的心理社會困難(家庭的，經濟的，職業的)，最近生活事件等。受傷時意識喪失時間，外傷后遺忘情況，其他軀體損傷情況，對精神的創傷和意義，受傷環境等因素。