妊娠期甲亢的治療首選ATD。PTU和MMI均能有效控制甲亢，然而文獻上多推薦 PTU。其理由為：⑴PTU與蛋白結合量大，通過胎盤慢，優于MMI。⑵妊娠期服用PTU新生兒的先天性畸形頭皮缺損較服用MMI者罕見。
早在1980年Momotani就認為新生兒畸型頭皮缺損與MMI無關。 1997年Momotani等觀察發現：胎兒FT4和TSH平均水平、低FT4和高TSH的發生率在使用PTU與MMI間無明顯差別。也證明PTU和MMI在致胎兒甲減方面無差異，從而認為胎兒在子宮內無論暴露于PTU或MMI，在智力、體力、發育及甲狀腺功能方面均無不同。
對癥狀較微、體重增加、FT4輕度上升者可不予治療，隨訪觀察。甲亢明顯者，PTU開始劑量為50-100mg Q8h.或MMI15-20mg/日，治療開始每2周診治一次，如臨床需要每2-4周測定血清FT4一次以便調整ATD的劑量。血清FT3與臍帶FT3濃度無相關。在ATD治療開始血清FT4先于FT3恢復正常，而且血清FT4濃度與臍帶FT4相關。FT4水平回恢復正常后，TSH要在數周或數月才恢復正常，因此，在治療最初2個月毋需測定血清TSH值，在FT4恢復正常后藥量可減半，以后以小劑量維持FT4在正常值范圍上1/3。
在心動過速時可暫時應用?-受體阻滯劑心得安但不宜長期應用。該藥可使子宮收縮引起早產，并通過胎盤，使胎兒發育不良，心動過緩，新生兒呼吸抑制等不良反應。
哺乳期甲亢可服用PTU每日200-300mg，不會使乳汁內PTU濃度升高影響新生兒的甲狀腺功能。而MMI在乳汁內濃度較高不宜應用。