具有典型尿路感染的臨床表現和尿細菌學檢查陽性者易于診斷，但不典型的尿路感染病例則容易誤診。造成誤診的主要原因是對本病的復雜性、多樣性認識不足，未能及時進行實驗室檢查，或有時未準確了解實驗室檢查的意義。在臨床上，不典型的尿路感染占有相當大的比例，因此，對于這類患者進行鑒別診斷是重要的。本病主要應與尿道綜合征、腎結核、腎小球疾病、前列腺炎、尿路結石、發熱性疾病、腹部器官炎癥等鑒別。
(1)發熱性疾病
有部分急性尿路感染的病人以發熱為主癥，尿路刺激癥狀不明顯，易與發熱性疾病，如流感、上呼吸道感染、瘧疾、敗血癥等混淆。但若能詳細洵問病情，不疏漏尿路感染的局部癥狀，并及時查尿沉渣，甚至作尿細菌學檢查，則鑒別診斷不難。
(2)腹部器官炎癥
有些尿路感染病例主要表現為腹痛、惡心、嘔吐、發熱、血白細胞數增高，易誤診為急性胃腸炎、闌尾炎、附件炎等，若能及時查尿，易于鑒別。
(3)尿道綜合征
在有尿道癥狀的婦女中，約70%的患者有膿尿和細菌尿，為真性尿路感染，而另外30%的患者，不是真正的尿路感染，而屬于尿道綜合征。這類病例在臨床上常常容易被誤診為尿路感染。
(4)尿路感染
尿路感染還應與腎結核、腎小球腎炎、前列腺炎等疾病鑒別，后面將有詳細敘述。