生殖器皰疹的主要病原體，存在于皮膚和粘膜損害的滲出液、精液、前列腺分泌液、宮頸、陰道分泌液中。生殖器皰產生的病因，主要通過性交傳染。當機體抵抗力降低或某些激發因素如發熱、感染、月經、受涼、胃腸功能紊亂、創傷等作用下，都是導致生殖器皰疹產生的病因。生殖器皰疹多由單純皰疹病毒(HSV-2)感染所致，該病毒廣泛地存在于精液、前列腺液、皮膚滲液及女性的陰道分泌物中，主要通過性交傳染。初次感染皰疹病毒，即可被稱為原發性生殖器皰疹。 原發性皰疹潛伏期為2-10日，平均為6日，發病后如果未能治療徹底，殘存于體內的病毒一段時間后又會發作，引發二度皰疹，也就是所謂的復發性生殖器皰疹。
生殖器皰疹是主要由單純皰疹病毒II引起的性傳播病。在西方國家其發病率僅次于淋病和非淋菌性尿道炎。本病發病率高，可通過胎盤及產道感染新生兒，導致流產及新生兒死亡，與宮頸癌的發生也有關，危害較大。生殖器皰疹好發于龜頭、冠狀溝、陰莖或尿道口，隨著病情的發展，患處會形成膿皰、糜爛或潰瘍，且有灼痛。其中約90%的患者，其皰疹病毒可累及直腸，造成直腸肛門痛。另一方面，如果不能及 時控制住病情，皰疹病毒便會循尿路上行，并發尿道炎、膀胱炎或前列腺炎，從而形成交叉感染，嚴重威脅整個生殖系統的健康。拖延到后期，更有致癌的可能。為避免這一系列危害，唯一的辦法就是及時進行治療。
此外，肉體的痛苦加上精神的負擔，往往使患者自尊心受挫，使之不愿與異性交往，從而導致性功能障礙，影響夫妻感情及家庭的和睦，久而久之甚至發生抑郁癥。