小兒癲癇的病因十分復雜，但隨著醫學科技的快速發展，大部分病因已被人們明確認識，總體講從病因學上可將癲癇分作兩大類：
一、原發性的癲癇
這一類癲癇占癲癇患者總數20%，沒有找到致病原因，大多與遺傳有關，因此也稱作隱源性癲癇或遺傳性癲癇。
二、繼發性的癲癇或癥狀性的癲癇
1、先天腦發育畸形 如無腦回畸形、巨腦回畸形、多小腦回畸形、灰質異位癥、腦穿通畸形、先天性腦積水、肼胝體發育不全、蛛網膜囊腫、頭小畸形、巨腦癥等。癲癇發作在一歲以內，形式多樣，早期以嬰兒痙攣為主。
2、神經皮膚綜合征 最常見的有結節性硬化、神經纖維瘤病和腦三叉血管瘤病等。
3、遺傳代謝病 如苯丙酮尿癥、高氨血癥、腦脂質沉積癥、維生素B6依賴癥等。
4、圍產期腦損傷 主要是產傷、窒息、顱內出血、缺氧缺血性腦病，其中以缺氧缺血性腦病而致癲癇者最常見。
5、顱內感染 如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、霉菌性腦膜炎、腦寄生蟲病、接種后腦炎等。
6、營養代謝障礙及內分泌疾病 常見有的低血糖、低血鈣、低血鎂、維生素B6缺乏和甲狀腺功能低下。
7、腦血管病 如腦血管畸形、顱內出血、腦血管炎等。
8、外傷 由外傷而致的顱內出血、顱骨骨折、腦挫裂傷等均可引起癲癇，但發病率與損傷程度及部位有關。
9、復雜型高熱驚厥后腦損傷也導致癲癇。
10、腦腫瘤 如神經膠質瘤、星形細胞瘤等，位于頂、額、顳葉區的腫瘤常引起癲癇。
11、腦變性病 腦黃斑變性、多發性硬化、亞急性硬化性全腦炎。
12、中毒性腦病 藥物中毒、食物中毒、一氧化碳(CO)中毒、有機磷中毒、重金屬中毒(汞、鉛、砷)等。