主要原因：食物不耐受
由于家長對嬰兒食物過敏腸病缺乏認識，不少孩子被長期診斷為慢性腸炎或痢疾，長期服用甚至靜脈輸抗生素，某些父母因孩子腹瀉久治不愈而身心憔悴。嚴重的嬰兒食物過敏可引起體格生長發育落后、免疫力下降而易發感染。
食物過敏腸病發生率增加，原因存分歧
有些專家指出：是人類食品的多樣化尤其是人工食品增加、過敏體質的嬰兒增加(而嬰兒的過敏體質與母親孕期對胎兒的致敏有關)導致的，也可能與預防接種增多有關。
從宏觀上看，當前嬰兒對食物過敏、不耐受增多也是人類生活方式變化、人與自然協調和人類演化過程的表現。