導致嬰兒肝炎綜合征的病因除了巨細胞病毒，還有肺炎鏈球菌、大腸桿菌、鼠傷寒沙門氏菌等，圍新期弓形體感染引起的先天性弓形蟲病亦為數不小，以及先天性遺傳性代謝性疾病如半乳糖血癥、酪氨酸血癥等均為嬰兒肝炎綜合征的病因，但仍有部分嬰兒肝炎綜合征的病因在短期內難以明確。
弓形蟲感染導致嬰兒肝炎綜合征
在嬰兒肝炎綜合征的病因中弓形蟲感染報道亦為數不少。弓形蟲是人畜共患的寄生蟲病，自然界中普遍存在，哺乳類和鳥類動物是弓形蟲的宿主，其中以貓及貓類動物是重要的傳染原。可經口感染，人感染后急性期在尿、糞、唾液、痰內含有滋養體，但因其抵抗力弱引起傳播的機會少。但孕婦初次感染弓形蟲可經胎盤傳播給胎兒而引起先天性感染，造成全身多組織器官的病變，主要侵犯有淋巴結、腦、心、眼、肝、脾、骨骼肌等。
各種細菌感染引起的嬰兒肝炎綜合征
各種細菌感染引起的嬰兒肝炎綜合征均因敗血癥過程引起中毒性肝炎或肝內感染，嚴重者可引起肝功能衰竭而死亡。