衣原體感染是一種在人體內長期生存并又廣泛傳播的病原體，屬條件致病菌。它在一定條件下能引起子宮頸感染、早產、流產及尿道感染等多種疾病，尤其是在與淋球菌等其他病原體合并感染時更加重疾病的發展及引起其它并發癥，在無癥狀子宮頸和男、女性泌尿系統常有沙眼衣原體的存在，其檢出率不一。
衣原體感染人體后，首先侵入柱狀上皮細胞并在細胞內生長繁殖，然后進入單核巨噬細胞系統的細胞內增殖。由于衣原體在細胞內繁殖，導致感染細胞死亡，同時尚能逃避宿主免疫防御功能，得到間歇性保護。衣原體的致病機理是抑制
被感染細胞代謝，溶解破壞細胞并導致溶解酶釋放，代謝產物的細胞毒作用，引起變態反應和自身免疫。
衣原體引起的感染。衣原體的種類很多，不同的衣原體可引起人類、鳥類及哺乳類動物(如家畜、嚙齒類動物)的眼、泌尿生殖道、呼吸道、神經系統、關節、胎盤和全身感染。引起人類衣原體感染的主要病原有沙眼-包涵體結膜炎衣原體、花柳性淋巴肉芽腫衣原體和鸚鵡熱衣原體。中國除沙眼衣原體引起的較普遍外，其他衣原體的感染較少見。抗生素和磺胺治療對衣原體感染療效很好。