強迫癥治療需要藥物的劑量大，服藥時間長。有些藥物會引起困倦、乏力;有的會引起惡心、嘔吐;有的會引起心慌、坐立不安、頭昏等。
如何減少不良反應的發生呢?
1、優先等級原則：首先選用SSRI類藥物，如‘氟西丁’，‘舍曲林’，‘艾司西酞普蘭’等，若足劑量、足療程無效，可換用‘氯米帕明’，或加小量‘阿立哌唑’。
2、早期單一用藥：開始應單一用藥，這樣會減少藥物副反應。
3、劑量個體化原則：都是強迫癥患者，不同人所服的藥物種類、劑量不同，不能光按藥物說明書上寫的去服用，因為有時可能會出現藥量不足或劑量過大，影響藥物的療效。
4、緩慢增加藥量：開始劑量應小，然后逐漸加量，2-4周達到治療量，這樣會增加患者對藥物的適應，減少不良反應的出現。
5、規范服用方法：除劑量因人而異外，服藥方法和時間也應注意，若早上服藥出現頭暈、發困，可放在晚上服。若空腹服藥出現胃部不適，可放在餐中或餐后服用。可以減少藥物不良反應，還可增加有些藥物的生物利用度，如‘舍曲林’。
6、合理聯合用藥：若單一用藥出現失眠、焦慮、坐立不安可短期聯合‘氯硝西泮’。若單一用藥足劑量、足療程仍無效，換藥后也無效，可聯合‘阿立哌唑’，‘奧氮平’等來曾效。有些病人也可加服‘丙戊酸鈉’治療。
7、對癥處理原則：有的藥物效果很好，但出現多汗，可使用小量‘苯托品’、‘賽庚啶’、米氮平來緩解多汗。有的藥物影響性功能，可選擇每周一次停藥，(假日無藥)，也可加‘丁螺環酮’、安非他酮等來改善患者的性功能。