由于胎兒心臟在發育過程中受到干擾，使部分發育停頓或缺陷，以及部分該退化者未能完全退化所致。
一、胎兒周圍環境因素。妊娠早期子宮內病毒感染，以風疹病毒感染后多見，常引起動脈導管未閉及肺動脈口狹窄，其次為柯薩奇病毒感染(Coxsakie )可引起心內膜彈力纖維增生癥，此外羊膜病變，胎兒周圍機械壓迫，母體營養障礙，維生素缺乏及代謝病，母體用細胞毒類藥物或較長時間放射線照射，均可能與本病發生有關。
二、遺傳因素。5%先心病患者發生于同一家族，其病種相同或近似，可能由于基因異常或染色體畸變所致。
三、其他。高原地區動脈導管未閉及房間隔缺損發病率較高，發生可能與缺氧有關。有些先心病有性別傾向性。