習慣性流產的原因大多數為遺傳因素、感染、子宮發育異常、內分泌失調、免疫系統異常等。
卵巢囊腫和子宮肌瘤導致習慣性流產：這兩種疾病在腫瘤還很小的時候，感覺不到任何不舒服，因此一般不知有此病。可是有孕以后，它就會跟著變大，從而妨礙子宮的增大，這便引起流產了。
其次，慢性闌尾炎造成習慣性流產：闌尾炎一般又叫做盲腸炎，如果沒有在發炎時及時施手術割除，從而就會轉入慢性，在沒有醫好的時候，及時受孕的話，是會使舊病再發，從而導致流產的。所以最好是在還未受孕之前，接受手術治療習慣性流產。
另外，子宮頸裂傷引起習慣性流產：在難產時采用鉗子分娩，或是墜胎手術以后，子宮口會留下裂傷。如果放任不理，再次受孕的時候，便會把胎兒從裂傷處漏出來，從而流產，對于這樣的習慣性流產治療的方法能夠用手術縫補子宮口而防止再流產的。